①化能异养型代谢：在废水生物处理中最主要的代谢形式，主要用于对废水中有机物的去除，包括主要的好氧细菌和厌氧细菌；
②化能自养型代谢：也是废水生物处理中常见的一种代谢形式，主要包括硝化细菌（将氨氮氧化为亚硝酸盐，或进一步氧化为硝酸盐）、氢细菌（对其的应用还处在研究阶段）、铁细菌等；
③光合异养型代谢：利用光合细菌以高浓度有机废水为基质生产菌体蛋白； ④光合自养型代谢：在废水生物处理中少有应用。 其中好氧生物处理过程的生化反应方程式如下：
①分解反应（又称氧化反应、异化代谢、分解代谢）
异氧微生物
CHONS + O2 （有机物的组成元素）
CO2 + H2O + NH3 + SO42- ++能量
②合成反应（也称合成代谢、同化作用） CHONS + 能量 C5H7NO2
③内源呼吸（也称细胞物质的自身氧化）
微生物
C5H7NO2 + O2 CO2 + H2O + NH3 + SO42- ++能量
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