2003年3月，根据《条例》（国务院令第344号），原国家安全监管局发布公告《危险化学品名录》（2002版）（原国家安全生产监督管理局公告2003年第1号），包括危险化学品条目3823个。2003年6月，国家安全监管总局、公安部、国家环境保护总局、卫生部、国家质量监督检验检疫总局、铁道部、交通部和中国民用航空总局联合发布公告《剧毒化学品目录》（2002年版）（原国家安全生产监督管理局等8部门公告2003年第2号），包括剧毒化学品条目335个。
根据联合国《全球化学品统一分类和标签制度》（以下简称GHS），我国制定了化学品危险性分类和标签规范系列标准，确立了化学品危险性28类的分类体系。由于《危险化学品名录》（2002版）主要采用爆炸品、易燃液体等8类危险化学品的分类体系，与现行化学品危险性28类的分类体系有巨大差异。现行《条例》（国务院令第591号）调整了危险化学品的定义，规定“危险化学品，是指具有毒害、腐蚀、爆炸、燃烧、助燃等性质，对人体、设施、环境具有危害的剧毒化学品和其他化学品”。同时，《剧毒化学品目录》（2002年版）列入的品种偏多，不符合剧毒化学品管理的实际情况，有必要进行调整。 制定过程
2011年7月21日，《目录》首次制修订工作会议在国家安全监管总局召开。国家安全监管总局、工业和信息化部、公安部、环境保护部、交通运输部、铁道部、农业部、卫生部、质检总局、民航局10个领导小组成员单位的有关司局负责人和专家出席会议。会议讨论通过了《目录制修订办法》，成立了《目录》制修订工作领导小组和专家组，并在国家安全监管总局化学品登记中心设立《目录》制修订工作组，承担目录制修订的具体工作。
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