1.二者性质不同。起诉期限是诉之合法的要件，即起诉能够被法院予以受理的法定条件，规定在行政诉讼法中，系诉讼程序法律制度;诉讼实效是诉之有理由的要件，即原告的诉讼请求能够成立的前提。诉讼时效属于民事实体法律制度，规定在民法通则中。
2.二者立法目的不同。行政诉讼法中之所以设立起诉期限，在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。民事实体法中规定诉讼时效，其目的在于经过法定期间使原权利人丧失权利，使长期存在的事实状态合法化，有利于经济秩序和法律秩序的稳定。
3.二者的起算时间不同。行政诉讼的起诉期限从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准，强调“行为”;而诉讼时效的起算时间从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起，以当事人主观感知权利被侵害为标准，强调“权利”。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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