土地管理法规定和农村宅基地管理办法规定，宅基地确权一般是由乡土地所或者县土地管理局土地来管理的。我国的农村宅基通常还要让村上批，乡里备案。如果宅基地发生了纠纷，那么就是由乡级、县级经管站来负责仲裁处理。如果当事人一方对仲裁不服，那么可以向基层人民法院提起民事诉讼。
一、农村宅基地确权后多少时间发证
根据2013年中央一号文件，《中共中央、国务院关于加快发展现代农业，进一步增强农村发展活力的若干意见》提出，全面开展农村土地确权登记颁证工作。
就可以知道宅基地确权是在2013年开始的，未来将组织开展农村宅基地和农房的调查，摸清全国宅基地的基本情况，力争在2020年基本完成宅基地使用权的确权登记颁证工作。
具体详细开展的日期要据当地政府部门安排决定,也可以咨询一下村委负责人，或者是在网上搜一下乡政府国土部门的电话，问问乡政府国土部门的人员你所在村的具体开展时间。
农村宅基地确权登记发放流程是：
申报：凡是拥有宅基地的土地使用权人，须领取由土地部门统一印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，以户为单元，每宗宅基地填写一份。
村民使用的宅基地，必须提交由经济社、村委会二级经济组织及镇政府出具的土地权属来源证明。然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
权属调查：国土部门根据土地使用权人的申请，对宅基地范围、界线、界址、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。
在宅基地调查过程中，本宗地使用者和相邻地使用者应按通知规定时间内到场共同指界，对双方共同确认的用地界线和界址点进行签名、盖章，如不能参加指界的，应书面委托代理人出面指界。
审核与公告：经土地行政主管部门审核，对认为符合登记要求的宗地进行公告，公告内容主要包括土地使用者的名称、地址、准予登记的土地权属性质、面积、坐落、四至范围等。
审批：公告期满，土地权利者及其他土地权益有关者对土地登记审核结果未提出异议的；
在农村宅基地使用权登记审批表上签署同意登记发证的意见，由市(县)人民政府领导签章，并加盖市(县)人民政府土地登记专用章。
登记注册：根据农村宅基地登记审批表结果，以宗地(宅基地)为单位逐项填写土地(宅基地)登记卡、土地(宅基地)归户卡及土地证书，并由登记人员和土地行政主管部门主管领导分别在两卡上签字。
颁发土地证。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。以上就是有关农村宅基地归哪个部门管的相关情况。
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