法律分析：可能会被用人单位起诉，或者用人单位会申请仲裁。因为多发1000工资属于不当得利，应当返还。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
1.因确认劳动关系发生的争议;
2.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
3.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
4.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
5.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
6.法律、法规规定的其他劳动争议。
《中华人民共和国民法典》 第九百八十五条 得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益，但是有下列情形之一的除外：
(一)为履行道德义务进行的给付;
(二)债务到期之前的清偿;
(三)明知无给付义务而进行的债务清偿。
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