工程非法分包的处理是：由建设行政主管部门或其他有关部门责令改正，没收违法所得并处罚款，可以责令停业整顿、降低资质等级，情节严重的吊销资质证书，实际造成损失的，发包单位与承包单位共同承担连带赔偿责任。
《 建筑法 》第二十六条 规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、 营业执照 ，以本企业的名义承揽工程。
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