合同超过诉讼时效法院的处理方式如下：
1.依照行政诉讼法的规定，属于行政诉讼受案范围的，告知原告提起行政诉讼；
2.依照法律规定，双方当事人达成书面仲裁协议申请仲裁、不得向人民法院起诉的，告知原告向仲裁机构申请仲裁；
3.依照法律规定，应当由其他机关处理的争议，告知原告向有关机关申请解决；
4.对不属于本院管辖的案件，告知原告向有管辖权的人民法院起诉；
5.对判决、裁定、调解书已经发生法律效力的案件，当事人又起诉的，告知原告申请再审，但人民法院准许撤诉的裁定除外。
6.对符合起诉条件的，必须受理。
对于超出诉讼时效的案件，人民法院不得主动提示诉讼时效的抗辩。
一、合同纠纷怎么处理
合同纠纷的处理方式有如下几种：
1.协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷。
2.调解
合同纠纷合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。
3.仲裁
合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。
二、合同纠纷如何选择管辖地
合同纠纷按照下列规则选择管辖地：
1.因合同纠纷提起的诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。
2.因保险合同纠纷提起的诉讼，如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，由被告住所地或者运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地的人民法院管辖。
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