员工离职的经济赔偿金要缴税。
该经济补偿应当计入劳动者的工资、薪金所得，按照该计税项目来缴纳个人所得税，适用的税率则是百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
员工辞职的流程：
1、员工向用人单位提出辞职申请；
2、双方在自愿平等的基础上对解除劳动合同达成一致；
3、通知工会；
4、办理工作交接；
5、结算薪资和经济补偿。
综上所述，国家规定了对劳动者取得的一次性经济补偿金和赔偿金征收个人所得税的最低标准，只有超过该标准的数额在按照劳动者在用人单位工作的实际年限进行平均后，才向劳动者征收个人所得税。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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