专利转让合同纠纷应作以下处理：
1、优先采取进行协商的方式处理：
2、当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；
3、依法向人民法院起诉的，必须符合法律规定的条件。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
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