农村自建房也需要办理土地证，土地证是土地所有者或者土地使用者，享有土地所有权或者使用权的法律依据。如果原土地证上土地的来源是转让的，就只要缴纳手续费。土地证作用就是拥有该地块的合法使用权，受法律的保护。土地证上会注明该土地的地理位置、用地性质、用地面积、使用者等相关信息，农村自建房可以把土地使用权转让、作价出资、出租或抵押，办理流程如下：
1、房屋转让连同土地使用权转移，需提交房屋买卖协议、房照、原土地使用证。
2、房屋连同土地使用权继承，赠与需提交房照、原土地使用证、公证书或使用权人亲笔签名协议与街道证明。
3、新建房屋土地登记需提交土地和规划部门建房批件。
4、农村自建房土地证书遗失或者损毁的，土地权利人应当及时向原发证机关备案，申请补发新证，在当地报纸上进行公告。自公告之日起三十日内无异议的，原发证机关注销原土地证书，补发新证书。
一、农村土地使用证办理机构是哪里？
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
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