一、医疗事故赔偿协议应包括以下内容：
1、医疗事故赔偿协议书的双方当事人，即医疗机构和患方；
2、患者的基本情况；
3、双方共同认定的医疗事故等级；
4、医疗事故原因；
5、赔偿数额；
6、赔偿款给付时间；
7、违约责任等。
二、明确医疗事故等级
医疗事故等级是医疗机构和患方认定赔偿数额的关键因素。所以在签订医疗事故赔偿协议书时，双方当事人必须就该医疗事故有了明确的等级鉴定，且该鉴定必须是双方都予认可的。
三、详尽医疗事故原因
患者在签订医疗事故赔偿协议书时应当详细写明医疗事故原因，即医疗机构在该事故中存在过错，该过错与人身损害后果之间是存在因果关系的。
四、赔偿数额和给付时间
作为医疗事故赔偿协议书的核心，赔偿数额应当精确全面，有理有据。赔偿款项给付时间应当具体确定，不宜用大约、左右、大概等约数字眼。
五、违约责任
在协议书中应当增加医疗机构逾期不予给付赔偿款项，由此延误患方治疗，病情恶化的后续治疗费用由医疗机构承担。或是通过法律途径解决付款事宜。
综上，医疗事故赔偿协议书的达成必须符合《医疗事故处理条例》及其他相关规定。
六、医疗事故赔偿协议公证的作用
（一）医疗事故具体赔偿数额应当与具体案件的医疗事故等级相适应。
医疗事故的等级体现了患者受到损害的实际程度，是对受害者人身致伤、致残轻重程度的客观评价。医疗事故具体赔偿数额与医疗事故等级相适应体现了民事赔偿上的实际赔偿原则。
（二）医疗事故赔偿数额应当与医疗过失行为在医疗事故损害中的责任程度相适应。
这是讲医方所承担的赔偿份额应当与其过错行为对损害后果的作用相一致。体现了医疗事故赔偿适用的过错原则。
（三）客观考虑患者原有疾病状况与损害后果之间的关系。
这是指在确定医疗事故赔偿时，应当实事求是，客观分析患者原有疾病状况对医疗事故损害后果的影响及其与损害后果之间的关系。这一原则体现了法律的公平性。
医疗事故赔偿数额确定应考虑的因素：
（一）医疗事故等级；
（二）医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
（三）医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
医疗事故赔偿项目计算：
（一）医疗费：按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用计算，凭据支付，但不包括原发病医疗费用。结案后确实需要继续治疗的，按照基本医疗费用支付。
（二）误工费：患者有固定收入的，按照本人因误工减少的固定收入计算，对收入高于医疗事故发生地上一年度职工年平均工资3倍以上的，按照3倍计算；无固定收入的，按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。
（三）住院伙食补助费：按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准计算。
（四）陪护费：患者住院期间需要专人陪护的，按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。
（五）残疾生活补助费：根据伤残等级，按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算，自定残之月起最长赔偿30年；但是，60周岁以上的，不超过15年；70周岁以上的，不超过5年。
（六）残疾用具费：因残疾需要配置补偿功能器具的，凭医疗机构证明，按照普及型器具的费用计算。
（七）丧葬费：按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算。
（八）被扶养人生活费：以死者生前或者残疾者丧失劳动能力前实际扶养且没有劳动能力的人为限，按照其户籍所在地或者居所地居民最低生活保障标准计算。对不满16周岁的，扶养到16周岁。对年满16周岁但无劳动能力的，扶养20年；但是，60周岁以上的，不超过15年；70周岁以上的，不超过5年。
（九）交通费：按照患者实际必需的交通费用计算，凭据支付。
（十）住宿费：按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差住宿补助标准计算，凭据支付。
（十一）精神损害抚慰金：按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年；造成患者残疾的，赔偿年限最长不超过3年。
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