集体土地使用证变更到土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门办理。用地者应填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容，同时提供证明材料，根据土地变更登记申请的内容项目进行实地调查审核权属并进行地籍测量，审核通过后更换土地证书。
【法律依据】
《土地管理法实施条例》第三条
国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
第六条
依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。
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