档案丢失应赔偿。
（一）档案移转纠纷是否属于劳动争议案件。档案转移纠纷从表面上看，是用人单位与劳动者之间形成的档案保管关系，不应属于劳动争议案件。但就争议的主体看，一方是劳动者而另一方是用人单位，他们之间的地位并不平等，不能用一般的民事保管关系处理。从档案转移纠纷的性质来看，劳动者与用人单位解除劳动合同后，劳动者所在单位应当在一个月内将职工档案转交新的工作单位或其户口所在地的街道劳动组织人事部门，这是用人单位在与劳动者终止劳动关系后必须履行的义务，应视为劳动合同的重要内容之一，受劳动法的调整。这与劳动法的立法宗旨是一致的，同时也符合劳动法适用范围的规定。劳动者与用人单位解除或者终止劳动关系后，请求用人单位返还其收取的劳动合同定金、保证金、抵押金、抵押物产生的争议，或者办理劳动者的人事档案、社会保险关系等移转手续产生的争议，经劳动争议仲裁委员会仲裁后，当事人依法起诉的，人民法院应予受理。由此可见，档案转移纠纷应按劳动争议案件受理，实行一裁两审制。
（二）诉讼时效问题由于用人单位有妥善保管和移转职工档案的义务，当丢失档案的情况发生时，劳动者的权利被侵害的事实处于持续状态。劳动者要求用人的单位承担转档义务或补办档案及相关证明义务的请求并不存在诉讼时效问题。对于档案丢失赔偿请求的诉讼时效，应适用民事法律诉讼时效的规定，以劳动者知道或应当知道个人档案丢失之日作为时效的起算点。
（三）档案转移纠纷的审理思路用人单位将劳动者的档案丢失，给劳动者造成的损害大致包括以下两个方面：
1、再就业损失。假如因为单位不给职工转移档案或者将职工档案遗失，很有可能造成了职工已经找好的单位无法接收、或者职称无法评定等情况。用人单位的违法行为，侵害了职工再就业的权利，给职工造成了的再就业造成了障碍。
2、社会保险损失。被记档人个人对档案享有的只是一种利益相关人权益，如果这种权益受到侵害，当事人向法院提起诉讼时实质是一种侵权之诉，要求的具体诉求大致可以概括为：
1、要求被告补办或及时转移档案；
2、要求被告赔偿因档案丢失或未及时转移给原告造成的劳动就业、社会保险、福利待遇等方面的遭受的损失及精神损失等。只是这种侵权之诉在采用具体案由时必须采用对应的劳动争议或人事争议案由。以返还原物纠纷（因为档案不能返还给个人）的案由或其他案由提起诉讼都不合适。原告因人事档案被丢失或迟延转移遭受的损失如何赔偿法院受理以原告的起诉后，经审理确定人事档案确因档案管理单位过失导致丢失或迟延转移的，如何确定被告承担责任的具体方式呢？笔者认为，无论是档案丢失还是被迟延转移都可以分为两部分要求被告承担具体民事责任：一是对档案本身承担责任；另一是对原告因档案所致损失承担责任。
（一）对档案本身承担的责任方式：
1、在档案丢失的情况下，针对原告诉求，法院可以采用以下裁判：
（1）在合理期限内可以找回的档案判令被告在规定期限内找回，逾期难以找回的，要判令被告予以补办；
（2）档案不能找回的，要责令被告予以补办。但基于档案已经丢失，实际上存在有些档案材料是不可能通过补办得以恢复的，在此情况下只能进而要求赔偿损失。
2、在档案迟延转移的情况下，可以要求被告在规定期限内予以转移。
（二）、被告对原告因档案丢失或迟延转移所致损失承担责任的方式。
1、在档案丢失的情况下，原告要求的损失主要包括以下几种：
（1）无法补办的档案材料丢失所致的损失；
（2）给原告造成的劳动就业、社会保险、福利待遇等方面的遭受的损失；
（3）精神损失；
2、在档案迟延转移的情况下，原告要求的损失主要包括：
（1）给原告造成的劳动就业、社会保险、福利待遇等方面的遭受的损失；
（2）精神损失。
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