工程预付款的扣还计算方式是：可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清；基本公式：T=P-M/N；式中T—起扣点，工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M—工程预付款限额；N—主要材料的占比重；P—工程的价款总额。
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