迟到按分钟数扣工资合法，除此之外，用人单位应依法在规章制度中明确上班迟到扣除工资的要求及标准，并已进行公开公示告知员工，且所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%；与以上任何一点相悖的，则迟到扣工资不合法。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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