公司合同专用章有法律效力。根据我国法律规定以及相关的司法解释，合同专用章是有效的，在合同上加盖合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为。公司合同专用章的法律意义如下：：对合同当事人而言，合同上加盖合同专用章，表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认，从而确定了合同经当事人双方协商而成立，并对当事人双方发生了法律效力，当事人应当基于合同的约定行使权利、履行义务。
一、合同专用章使用的内容
合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务；公章可以代替合同专用章使用。而关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。
《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。对于盖合同专用章和公章没有做出明确的限定。但这不说明使用合同专用章签合同生效，公章签合同不生效。实际上，公司的合同专用章和公司公章，在代表该公司对外签订合同时，均产生法律效力。
二、合同专用章和公司专用章的区别
1.使用范围不同。
(1)公章适用范围广泛，涵盖合同章。
(2)合同章只能在合同上有用，不能办其他事。
2.执章人不同。
(1)一般公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为。
(2)合同专用章可由法人执掌，也可由专门的合同人员负责保管。
3.管理部门不同。
4.权力和确认力不同。
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