拖欠工程款，属于普通民事纠纷，只能到人民法院起诉解决。
1、可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院；
2、拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件；
3、起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
法律依据：
根据《民事诉讼法》第21条规定：对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
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