农村建档立卡户在医院可以报销的比例是镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。医疗保险报销的比例和是否是农村建档立卡户无关，而是根据农村居民和城镇职工来划分的。
《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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