农民工工资超过5000也扣税。
劳动者的月工资达到5000的，不需要缴税；超过5000元的，才需要缴税，所适用的税率是3%至45%的超额累进税率，应纳税所得额则是用其工资减除其起征点的数额和五险一金等扣除额。
农民工在短期内提供劳动服务按“次”或按“月”取得劳务报酬，由支付人按“劳务报酬所得”项目扣缴税款，月收入或“次”收入低于4000元的，减去800元费用后再按20%税率纳税，月收入或“次”收入高于4000元的在扣除收入额的20%费用后，再按20%税率纳税（应纳税所得超过20210元的实行加成征收）。
综上所述，农民工工资也是按照个人所得税法的要求缴税，缴纳个人所得税，可以由单位的扣缴义务人代为扣税，其中养老支出、子女教育等、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金费用是可以作为抵扣税务的项目。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
工资、薪金所得；
劳务报酬所得；
稿酬所得；
特许权使用费所得；
经营所得；
利息、股息、红利所得；
财产租赁所得；
财产转让所得；
偶然所得。
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