根据财税〔2006〕107号文，企业与学校签订三年以上合作协议后，支付给实习生的报酬可以在计算企业所得税前扣除。但根据个人所得税法规定，企业仍需代扣代缴实习生的个人所得税。
法律分析
根据财税〔2006〕107号文“凡与中等职业学校和高等院校签订三年以上期限合作协议的企业，支付给学生实习期间的报酬，准予在计算缴纳企业所得税税前扣除。具体征管办法由国家税务总局另行制定。对中等职业学校和高等院校实习生取得的符合我国个人所得税法规定的报酬，企业应代扣代缴其相应的个人所得税款”规定，对实习生取得所得应按规定缴纳个人所得税。
拓展延伸
实习生个人所得税的纳税义务与规定
实习生个人所得税的纳税义务与规定是根据国家税法和相关政策来确定的。根据我国税法规定，个人所得税是对个人取得的各类所得进行征税的一种税种。实习生作为一种特殊身份，其个人所得税的纳税义务也需要遵守相应规定。根据个人所得税法，实习生的个人所得税纳税义务与其他劳动者一样，需要根据实习期限和收入情况进行计算和缴纳。具体的纳税规定包括税率、免征额、税前扣除等方面。因此，实习生在享受实习收入时，应当了解个人所得税的相关规定，并按时履行纳税义务，遵守国家税法的规定。
结语
实习生个人所得税的纳税义务是根据国家税法和相关政策确定的。根据个人所得税法规定，实习生需要按照实习期限和收入情况计算并缴纳个人所得税。具体的纳税规定包括税率、免征额、税前扣除等方面。因此，实习生在享受实习收入时，应了解个人所得税的相关规定，并按时履行纳税义务，遵守国家税法规定。
法律依据
《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。