1、鉴定对象的复杂性。精神病司法鉴定的对象是最为复杂的人类精神世界，迄今为止人类所掌握的科学知识尚不能对人类自身的精神世界给予全面、正确的剖析与发现，迄今对多数精神疾病的诊断，仍然缺乏精密的客观的理化检验手段或方法，主要还是依据病史和精神状况检查所见即临床表现来确定．1精神现象属于人类探索尚未完全成功的一个领域，多数精神病的成因缺乏科学、有力的结论加以证实。精神医学发展所处的初级阶段限制了精神病鉴定科学的发展水平。
2、鉴定的误差性。精神病鉴定需要对行为人实施行为时的精神状态作出判断，判定其在实施相应行为时的动机以及是否具备辨别、控制能力。人的主观动机只能依靠客观的外在信息进行辅助证明，对于精神状态的鉴定只能依靠鉴定时所掌握的证据材料与相关信息加以回溯性的推理与判断。回溯性判断的准确性依赖于判断所依靠的信息是否充足、准确，出现偏差甚至错误难以避免。
3、手段的有限性。除少数器质性精神病会导致被鉴定人大脑生理结构发生变化之外，大多数精神疾病难以通过医学仪器或者其他测试手段进行客观、准确的检测。与医学上通常所依赖的化验、检验等客观性较强的诊断手段不同，精神病鉴定人主要依赖的是阅读书面材料、倾听与观察等主观性较强的检测手段。正是从这个意义上讲，许多人更愿意将精神病鉴定视为社会科学，而非自然科学。
一、司法鉴定质证的内容
(一)司法鉴定的真实性
所谓司法鉴定的真实性，是指司法鉴定本身体现的形式，思想内容反映出真实所具有客观的本质属性。必须存在客观存在的形式，而不是主观，推测捏造的事物。认识和判断是人的思维形式，是人的大脑对客观外界作出反映和选择，客观外界能够作为证据材料的事实多样，一旦主观感觉和选择，便以特定化的形式表现出来，诉讼中的司法鉴定依照法定程序，经过质证，才最终成为实事的依据。质证主体首先应该就司法鉴定是否真实可靠，符合实际进行质证、辩论，司法鉴定确实充分、可靠是司法鉴定正确的一个前提条件，如司法鉴定的检材不充分、不可靠，势必影响鉴定材料的真实性、客观性。如鉴定人在鉴定时，有无受到社会不良风气的影响？其技术水平怎样等，这都会导致司法鉴定发生错误。
(二)司法鉴定的关联性
证据的关联性，是指证据有助于增强或减弱待证事实在心证所具的盖然性的程序时，都可认为该证据与待证事实之间具有关联性，对某一证据对案件事实之间是否具有关联性的判断，体现对其进行证据证明价值的评估。对证据关联性的内涵的界定，涉及到证据与待证事实的问题，它是对证据关联性在证据效力上的定位与价值评估，而关系到证据的形式或方式问题，它根源与证据事实与案件事实之间的客观联系，而不是受办案人员主观意志而转移的，它是案件事实作用于客观事实以及有关人员的主观产生的。质证主体对证据证明力，即对案件事实是否有证据作用进行质问和辩论。证据本身对案件事实有无联系以及联系是否密切及大小程度，法官对证据的审查、判断，实际是对证据的客观性、关联性判断和评估的方式。
(三)司法鉴定的合法性
司法鉴定属证据的一种，自然有证据的一般属性，证据的合法性称证据的许可性，证据必须符合法律规定。合法性指证据的主体、形式、收集都应依法进行。
1、鉴定人必须符合法律规定和取得《司法鉴定许可证》，其人员应符合相应的资质和取得执业证书，依照法律规定，司法鉴定应当由符合资质的鉴定机构作出，鉴定人是否具备解决案件中专门问题的科学知识和科学技能，鉴定人是否为司法机关指派、聘请或是双方当事人协商后由司法机关指派，鉴定人是否属于合法拥有资质的机构，其证件是否年检注册。不具备鉴定资质的鉴定机构和鉴定人所作出的司法鉴定一律不能作为定案的依据。
2、司法鉴定程序必须符合我国诉讼法及相关法律及司法解释的规定。检材是鉴定的物质基础，提请鉴定、决定鉴定、受理鉴定、鉴定资料(材料)的提取、保存、复制、鉴定实施、补充鉴定、重新鉴定、共同鉴定以及鉴定文书的制作各个环节都必须符合法定程序，如果鉴定检材不合法，势必会影响到整个司法鉴定结合的合法性，鉴定的实质是以科学技术手段来综合审查与核实证据，实体不真实，结论必然失去科学可靠性，甚至出现虚假和错误的结论。实体不真实的结论，显然不能作为证据资料。无论是公、检、法及社会其它的司法鉴定机构，所收集的材料应当是合法的，不允许采取欺骗或其他不合法的手段收集鉴定资料(材料)，对诉讼中所涉及的鉴定材料的审查，应通过法庭质证进行。通过质证材料的来源，并依据有关法律，判定鉴定材料来源的合法性。
3、司法鉴定的形式必须具备法律规定的要求，要有鉴定人员(所有参加鉴定人员)的签名或盖章，对不符合法律规定的证据不予认定，如当事人自己收集的伤害证明、病历，无出具机构或出具人的盖章、签名或法律法规规定的两人以上签名盖章，只有一个人签名、盖章的，则不能作为证据使用。