法律分析：一、检察院因证据不足不予起诉,当事人申诉了怎么办
人民检察院是我国非常重要的司法机关，人民检察院对一些特定的案件是具有直接侦查权力的，人民检察院出会对公安机关移送的案件进行审查，确定是否提起公诉，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
检察院对案件进行审查后，在证据不足的情况下作出不起诉决定的，依据具体的案件可以作出以下的处理：
1、如果是公安机关移送的案件，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误的，是可以申请复议的，如果检察机关复议后仍然不起诉的，公安机关可以在收到复议决定书后，连同相关的材料向上级检察机关申请复核。
2、如果公安机关认同检察机关不起诉决定的，犯罪嫌疑人被公安机关采取强制措施的，公安机关应该立即解除刑事强制措施，释放在押的当事人。
3、公安机关收到不起诉决定后，公安机关认为要追究刑事责任的，是可以继续对案件进行侦查的，在收集到新证据的情况下，可以再将案件材料移送到检察机关，请求检察机关提起公诉。
通过上述的分析，检察机关在证据不足的情况下，是可以作出不起诉决定的，如果公安机关或者案件的被害人对不起诉决定不服的，是可以申请复议或者复核的，而公安机关可以进行补充的侦查。
二、再审和申诉的区别
1、申请再审的主体是当事人及其法定代理人。再审申请的主体严格限制为原审当事人及其法定代理人，除此之外的任何人都无权提起再审申请。
2、申请再审的对象是确有错误的生效判决与裁定，以及违反自愿原则或者内容违法的调解书。
而申诉则不受这一限制，申诉既可以针对未生效的法律文书，也可以针对已生效的法律文书。此外，申诉还可以针对一些违法行为等。
3、申请再审的期限是法律文书生效后的2年内，超过2年，则丧失了申请再审权。而申诉则没有时间限制。
4、申请再审需符合法定情形，这一法定情形因法律文书的不同而有所不同。即发生法律效力的判决、裁定需具备以下情形：
(1)有新的证据，足以**原判决、裁定的。根据《民事诉讼证据规则》第44条的规定，这里的“新的证据”是指原审庭审结束后新发现的证据。
(2)原判决、裁定适用法律错误的。
(3)原判决、裁定认定事实的主要证据不足的。
(4)人民法院违反法定程序，可能影响案件正确判决、裁定的。
(5)审判人员在审理该案件时有贪污受贿、徇私舞弊，枉法裁判行为的。
对调解书的申请再审，只有当事人提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，才可以申请再审。而申诉不受上述法定情形的限制。
三、申诉要提交什么材料
1、人民检察院是我国的法律监督机关，有权对民事审判活动和行政诉讼活动实行法律监督。
2、当事人如果不服人民法院的民事、行政判决、裁定，决定向人民检察院申诉的，需要符合以下两个条件：
(一)人民法院的判决、裁定已经发生法律效力;
(二)当事人有具体的申诉理由和请求。
3、对于下列申诉，人民检察院不予受理的：
(一)人民法院的判决、裁定还没有发生法律效力;
(二)判决解除婚姻关系或者收养关系;
(三)经当事人申请，人民法院已经裁定再审;
(四)当事人对人民检察院作出的终止审查或者不抗诉的决定不服，再次提出申诉;
(五)不属于人民检察院主管的其它情形。
4、当事人申诉的，由人民检察院控告申诉部门统一受理。当事人应向控告申诉部门提交申诉书、人民法院已经生效的裁判文书以及能够证明申诉主张的其它证据材料。
法律依据：《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
第一百七十七条第三款规定，人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得收入，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。法律依据：《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
第一百七十七条第三款
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。