有些婴儿由于母乳不足或其他原因改用牛奶/普通配方奶粉喂养、或添加辅助食物尤其是蛋白类食物时，小儿表现为突然出现严重的腹泻，有些小儿甚至出现大便带血，这些婴儿可能就是对牛奶蛋白过敏、或对牛奶蛋白及其他食物中的蛋白不耐受。婴儿发生这种牛奶过敏症的比例大约是2.2%。
当小儿发生腹泻时，要判断是由于牛奶或食物过敏、还是感染引起的腹泻，家长可以通过以下简单方法进行初步判断。根据小儿腹泻前的喂养史选择试验食物，在没有给小儿服用抗过敏药的前提下，将所选择的食物从少量起喂小儿，每隔30-60分钟加倍所喂食物，观察小儿的反应，尤其是头2小时的反应，因为头2小时是过敏反应的高发时间，这样就能判断可能的过敏食物。而想通过实验室试验来确诊小儿食物过敏缺乏敏感性和特异性。
发生食物过敏症的原因很多，与小儿过敏性体质及小肠黏膜发育不成熟有关。有人认为食物过敏原因可能是毒素污染，如鳕鱼中有组织胺在烹调中没有被破坏；过期食物如过期奶酪中含有酪氢酚引起药物作用；肠道消化吸收受限，如肠道乳糖酶缺乏造成乳糖不耐受引起腹泻。
减少或避免小儿发生食物过敏的方法是不要在4个月前添加固体食物，到4-6个月后再添加固体食物，这样允许小肠成熟并减少漏出，避免食物尤其是蛋白类食物抗原穿透黏膜启动免疫反应；如是乳糖不耐受引起腹泻应给小儿喂养不含乳糖的奶粉。