《百年孤独》中的“孤独”并不是一种固定的形态，它在不同人物身上有着不同的具体表征。
先从第一代人何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚说起吧，他一辈子苦陷不被人理解的“天才的孤独”，他是百年小镇马孔多的创建者，有着极强的想象力、好奇心以及求知欲。
他用家中仅有的骡子和山羊与不知从哪里来的吉普赛人换了磁石打算用于挖掘黄金，最终得到的却只有一副十五世纪锈迹斑斑的盔甲;他看到吉普赛人带来的凸透镜，想着用凸透镜的聚光原理发明一种强大的武器，甚至不惜以身试险，导致皮肤灼伤溃烂;用简单的航海仪器最终得出结论，“地球是圆的，就像个橙子”，这换来的只是妻子的狂躁暴怒，村里人也都认为布恩迪亚已经彻底疯了;后又用梅尔吉亚德斯留给他的炼金炉将家中全部金币与铜屑、铅石熔在一起，最终得到的只是一锅恶臭的浓浆。
他始终没有知音，随着钻研的深入，他近乎痴狂，渐渐走进了自我营造的象牙塔，自说自话。最后被家人捆绑在一刻栗子树下，直至带着孤独而死，留下的是他的炼金室以及等待--的羊皮卷。
所以他的孤独，是天才对平庸的孤独，是平庸之人无法理解的天才般的孤独。天才许多的思想是深邃的、理念是超前的，像梵高，在当时几乎没有人理解自己，他们默默承受着属于自己的孤独，时间终会证明他们是对的。