《万历十五年》围绕明史“无关紧要的一年”展开，看似仅论及1587前后数年，实际上是黄仁宇先生以大历史观为视角思考中国整个近现代史的失败与救赎。
失败与救赎：两千年传统溃退之必然
明代是中国近代史的开端，也是世界近代史的开端。从此往后的六个世纪、五百多年，中国与欧洲西方世界一同迈入一个新的近代史阶段，然而，如钱穆所言，西方历史在这一阶段是进步的，中国却是退步了。欧蒲台认为，《万历十五年》是一部“有关衰落的研究”，全书犹如“一纸诉状”。七个章节讲述了六个主要人物，其结局均是悲剧。黄仁宇以一个年号、六个人物为镜，折射出近代中国这部失败的历史。“万历丁亥年的年鉴，是历史上一部失败的总记录。”文末的这一句结论，有如一声沉重的叹息。其实，凡中国人对祖国近代史都不忍卒读，百年以前祖国之落后与窘迫，仍足使百年后的子孙无地自容。
正因知祖国之耻，黄仁宇汲汲于用“大历史观”来观察中国现代化的路径及进程。《万历十五年》揭示了近代中国失败之因由正是“宪法危机”。以儒家思想为国家的宪法精神，以道德代替法律和技术治理国家，文官系统越来越僵化;以“平衡”为国家行动的出发点和目的，拒绝变化和创新，法律和技术都得不到发展，这些导致了中国现代化进程的缓慢。1587年，16世纪中后期，中国东南沿海如世界其他地方一样，都出现了国际贸易的需求和行动，明代的行政首长乃至整个文官系统却一再漠视、拒绝和镇压这种需求。殊不知国家之间的贸易和交流已是世界历史发展大势所趋，顺者昌、逆者亡。自此，东、西方在现代化进程中落后和先进的分水岭已经形成。此后纵仍有清代“康乾盛世”的强盛之景，不过是大国天朝“死而不僵”的回光假象，这个曾为全球最发达的经济体，一步一步走向落后挨打的颓败结局。
黄仁宇毫不掩饰对祖国现代性的渴望，不止在一部作品中多次强调“从技术的角度看历史”，强调法律和技术的发展，强调数目字管理的实现等。然而，迈向现代化的障碍却并不能仅在技术层面得到解决。其另一本著作《中国大历史》也承认，“近代中国所面临的最大一个问题乃是传统社会不容产生现代型的经济体制”。因此，他认为，须在政治、经济、文化、社会全方位实现“现代化”，方为近代中国落后和失败的救赎之道。只是《万历十五年》更侧重从文化的角度，研讨深受儒家思想影响的士官文化及民族精神与现代化进程之间的张力。
黄仁宇曾提及其现代性理论深受马克思·韦伯的启发和影响。韦伯在《新教伦理与资本主义精神》中探讨的也是一个民族的精神文化气质与社会经济发展的内在关系，从文化精神宗教的角度描述了资本主义的产生动力。他认为，新教伦理对现代资本主义的起源和整个西方理性化进程有直接影响。在中世纪，教徒们为了追求救赎，完全从尘世间隐退，认为这是达到救赎的唯一途径。宗教改革后，尘世中的禁欲主义者认为现世便是他们的责任，财富的享受虽是禁止的，但是致力从事经济活动是他们的天职。假如成果伴随获利的结果，就会被认为是上帝赐福给信徒的显示。而韦伯所定义的资本主义以合理地计算收支、有条理地安排生产经营活动为特征，这种现代理性资本主义的经济行为，与新教徒井井有条、系统安排的入世禁欲主义生活方式一致。新教入世禁欲主义伦理为资本主义企业家提供了一种心理驱动力和道德能量，从而成为现代理性资本主义兴起的精神动力，也是现代资本主义得以产生的重要条件之一。韦伯认为，儒教、佛教、道教、印度教、伊斯兰教、犹太教等没有经过宗教改革的各大宗教，其古老宗教伦理精神对于这些民族的资本主义发展则会起到严重的阻碍作用。《万历十五年》阐述了类似主张，即“当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及”，为韦伯观点提供了一个儒学思想于东方国家经济现代化之负面影响的实证注脚。
诗和远方：西方文明范式超越之必要
《万历十五年》成书于上世纪八十年代，亦即中国改革开放的初期，因此黄仁宇在著书之际没有目睹波澜壮阔的三十年成就。中国发展至今，正如任正非对华为的评论一样，已经步入“无人区”，处在无人领航，无既定规则，无人跟随的困境。世界史上没有一个拥有13亿人口的社会主义国家发展到中国当今程度的经验;世界上没有一个国家的制度体系能直接移植中国;世界上也没有一个国家能走出改革开放三十年的雄伟步伐。
黄仁宇的赤子之心以及由此激发的对中国失败原因与发展前路的探求，与“五四”运动以来的无数智贤勇烈的救国图存一脉相承，与近现代世界各国的现代化努力一脉相承，也难免一脉相承地落入现代化话语窠臼。从16世纪中期出现国际贸易萌芽起，国家之间的政治、经济、文化交流日益密切、频繁，随后便出现全球化浪潮的开端。在全球化的进程中，人们对于人类社会是否存在某种普世的价值和终极的发展状态有了更多关注和讨论。以塞缪尔·亨廷顿为代表的后现代学者们提出，“现代性”在西方话语体系中几乎与“资本主义”等同，这是“西方中心说”的典型谬误。随着人类社会的发展，不同民族国家的政治、经济实践活动的丰富，人们逐渐更倾向于认同现代性的多元化。资本主义并非每一个国家迈入现代化的必备条件和必经阶段。黄仁宇也承认，“当一个十亿人口的国家以超过一世纪的时间完成了一段前所未有的革命，则以前的名词和词汇都有重新审定的必要。”中国近六、七十年来的社会主义实践活动及成果已充分证明资本主义并非摆脱贫穷、落后、失败的唯一出路，那不是中国人民和全体人类唯一的远方。既然如此，以儒学思想为代表的中国传统文化在国家现代化进程中的作用也应重新审视。
纵观中国哲学史，儒学思想具备适应社会发展的弹性和能力。从孔子作为“至圣先师”，系统地构建儒家的学术体系，后有孟子和荀子分别发展出儒学的理想主义和现实主义两派;到汉朝，董仲舒把阴阳家和儒家的思想相结合，适应了当时汉朝建立政治社会新秩序的需要，使儒学成为国家的教义，确立了独尊的地位。到唐代，韩愈应时代变化之需，重新解释大学、中庸，吸纳佛、道两家的观点形成“新儒家”。“新儒家”到宋代又分成“理学”和“心学”两个学派，前者以程颐和朱熹为代表人物，又称“程朱理学”。
“心学”则以陆九渊、王阳明为代表人物。《万历十五年》所言明代以儒为宪指的就是当时作为科举考试指定内容的朱子理学。不仅近现代学者，在明代中后期的知识分子援引了陆王心学的观点对程朱理学做出了反思和批判。发展至今天，陆王心学在中国和世界仍有其现实指导意义和生命力。
必须指出，强调民族性，强调传统文化并不是要排斥文化与文明。正如指出的那样，“当代中国正经历着我国历史上最为广泛而深刻的社会变革，也正在进行着人类历史上最为宏大而独特的实践创新”，任何既有理论框架与评价体系都力不从心。这突显我们的薄弱，又潜藏着我们的机会，因为社会大变革后面必定尾随着思想理论大变革。有志于道，倾心于国者，没有理由不投身这个时代，拥抱这个时代。诚然我们大部分人都无法像黄仁宇先生一样立言传世，但起码能够通过片槠零墨，以“我思故我在”的方式在这场超越西方文明范式的历史潮流中搏浪前行。