城市道路限速40开60的是会被扣分的。限速40开60的，属于超速百分之五十，根据《道路交通安全违法行为记分分值》的规定，驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的，一次扣12分。
《道路交通安全法》第四十三条