交通事故赔偿纠纷由以下两个部门来调解：1、公安机关的调解：在诉讼前，一般由公安机关交通管理部门对损害赔偿进行调解；2、法院的调解：在民事诉讼中，如果双方在公安机关交通管理部门未达成调解协议或事后反悔的，在审理期间，法院仍可就民事赔偿继调解。
一、交通事故调解协议书签字后有异议的如何处理
根据《道路交通安全法》第七十四条规定：“对交通事故损害赔偿的争议，当事人可以请求公安机关交通管理部门调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。经公安机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。”可见，由公安交管部门调解赔偿，不是解决交通事故损害赔偿争议的必经程序，也不是诉讼的前置程序。调解协议不具有法律上的强制力，靠双方自觉履行，其中任何一方不履行或不完全履行，各方当事人均可向人民法院提起诉讼。
同时，根据《民事诉讼法》第二百零七条和最高人民法院《关于适用若干问题的意见》第二百五十四条、第二百五十六条的规定，可以申请法院强制执行的法律文书包括：发生法律效力的判决、裁定、调解书、支付令以及仲裁裁决书、公证债权文书。而其中的调解书是指由人民法院制作的生效调解书，而不包括公安交管部门的调解书。鉴于上述规定，若对方反悔起诉至人民法院，你可以将交通事故调解书作为证据提交给人民法院，由人民法院依法审理。
交通事故调解协议书签字后有异议的如何处理：
1、经交警调解达成了交通事故赔偿协议，具有民事合同的性质，系当事人的真实意思表示，且不违反法律的强制性规定，为有效合同。被告未按协议约定期限和赔偿数额向原告履行赔偿义务，系违约行为，应承担违约责任。
2、协议达成之后，被告反悔，原告可以违约之诉起诉；
3、原告在协议之外要求被告赔偿残疾赔偿金、鉴定费、被抚养人生活费、精神损害抚慰金等请求，因该部分请求已超出协议约定赔偿范围，法院一般不予支持。
二、交通事故处理期限为多久
1、根据《道路交通安全法》第七十四规定：对交通事故损害赔偿的争议，当事人可以请求公安机关交通管理部门调解，也可以向人民法院直接提起民事诉讼。经公安机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。2、根据《道路交通安全法实施条例》第九十四条规定：当事人对交通事故损害赔偿有争议，各方当事人一致请求公安机关交通管理部门调解，应当在收到交通事故认定书之日起10日内提出书面调解申请。交通事故致死的，调解从办理丧葬事宜结束之日起开始;对交通事故致伤的，调解从治疗终结或定残之日起开始;对交通事故造成财产损失的，调解从确定损失之日起开始。3、根据《道路交通安全法实施条例》第九十五条规定：公安机关交通管理部门调解交通事故损害赔偿争议的期限为10日。调解达成协议的，公安机关交通管理部门应当制作调解书送交各方当事人，调解书经各方当事人共同签字后生效;调解未达成协议的，公安机关交通管理部门应当制作调解终结书送交各方当事人。
三、交通事故调解保险公司一般需要来吗
调解是指双方或多方当事人就争议的实体权利、义务，在人民法院、人民调解委员会及有关组织主持下，自愿进行协商，通过教育疏导，促成各方达成协议、解决纠纷的办法。根据交通事故处理程序规定的相关规定，涉及交通事故调解的，当事各方当事人或代理人均必须在场，除非某方当事人在调解之前已经委托代理人，由代理人代表到场处理。如任何一方无故不到场的，交警则不予调解或者由交警另行约时间进行。若当事人不在场原则上不能调解，但是如果双方当事人通过电话方式谈好的，事先约定好的，直接签署调解协议的可以例外。公安机关交通管理部门受理了当事人的调解申请后，应当按照法定程序对交通事故进行调解。第一、应当与当事人约定调解的时间、地点，并于调解时间3日前通知当事人。第二、通知有关人员进行调解。通知一般采用书面形式，采用口头形式的要计入调解笔录。第三、必须在法定的期限内进行调解。公安机关交通管理部门调解交通事故损害赔偿争议的期限为10日。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》
第九十五条公安机关交通管理部门调解交通事故损害赔偿争议的期限为10日。调解达成协议的，公安机关交通管理部门应当制作调解书送交各方当事人，调解书经各方当事人共同签字后生效；调解未达成协议的，公安机关交通管理部门应当制作调解终结书送交各方当事人。交通事故损害赔偿项目和标准依照有关法律的规定执行。
第九十六条对交通事故损害赔偿的争议，当事人向人民法院提起民事诉讼的，公安机关交通管理部门不再受理调解申请。公安机关交通管理部门调解期间，当事人向人民法院提起民事诉讼的，调解终止。