律师解答：
办理商标使用许可合同备案的方式：1、当事人自签订之日起三个月内，向商标局提交备案表、合同副本、注册证复印件等材料；2、商标局依法进行审查；3、商标局经审查通，对符合相关条件的，予以备案。
【法律依据】：
《商标使用许可合同备案办法》
第四条 商标使用许可合同自签订之日起三个月内，许可人应当将许可合同副本报送商标局备案。
第七条 申请商标使用许可合同备案，应当提交下列书件：（一）商标使用许可合同备案表；（二）商标使用许可合同副本；（三）许可使用商标的注册证复印件。