货物运输合同，即通常所说的货运合同，是委托人将需要运送的货物交给承运人，由承运人按委托人的要求将货物运送到指定地点交付给委托人或者收货人，并由委托人或收货人支付运费的合同。而货运代理合同为合同法上的无名合同，一般是指委托人和受托人约定，由受托人为委托人处理货物运输及相关业务的合同。货物运输及相关业务包括订舱、仓储、报关、报验、结算交付杂费等货运代理人从事的具体业务。货物运输合同与货运代理合同可从以下几个方面进行区分。
1、合同的主体不同
货物运输合同的主体是托运人和承运人。托运人是将货物委托承运人运输的人，包括自然人、法人和其他组织。托运人可以是货物的所有人，也可以不是。承运人是运送货物的人，多为法人，也可以是自然人、其他组织。货物运输合同涉及收货人，收货人是接收货物的人。收货人与托运人可以是同一人，但多为第三人。当第三人为收货人时，收货人就是货物运输合同的关系人，此时货物运输合同就是为第三人利益的合同。
货运代理合同的主体是委托人和货运代理人。我国的货运代理业是经由向国家工商行政部门注册登记，并领有经营该项业务执照的企业法人组织专营的，其他单位与个人一律不得经营。因此，货运代理合同中的货运代理人是一个特定的主体。但是，货运代理合同中委托人的范围则没有限制，可以是国家机关、企事业单位、群众团体、公民个人、个体工商户、农村承包经营户等。
2、 合同的内容不同
合同内容包括权利、义务两个方面。因为权利、义务具有相对性，在这里以承运人和货运代理人的权利和义务作为比较对象。在合同义务方面，运输合同中承运人义务的特征为组织整程运输，对整程运输负责。在货运代理合同法律关系中，货运代理人主要义务特征为将货主的货物安排至承运人的运输器上出运，此种安排可能是整个运输过程，也可能仅是运输的某段路程。在合同权利方面，承运人的权利为收取运输费用，这是其履行运输义务的对价。货运代理人收取的费用虽然有时也以运费的名义收取，但其实质是提供货运代理服务的报酬，这种报酬或者通过代收代付运费另加一定报酬的方式，或者通过赚取向委托人收取的费用与其支付给承运人等有关方的费用之间的差价。
3、 履行义务的时空性不同
货运代理合同的履行本质上是为货物运输合同提供服务。因此，货运代理合同对货物运输合同具有依附性。如果将货运代理合同与货物运输合同在时间和空间上予以区分的话，可以看出，在时间概念上，货运代理人的义务大体先于或后于承运人义务。先由货运代理人办理订舱、报关、打板交接等业务，将货物安排至承运人的运输器，才由承运人进行运输，最后可能由货运代理人再完成收货义务，办理进口报关等手续。在空间概念上，货运代理人的义务往往是在同一地（起运地或目的地）完成，承运人的义务则具有跨境性和空间的连续性，这也是由运输合同在本质上是货物的空间移动的特征决定的。
4、 调整的法律不同
调整货物运输合同的法律规范较为复杂，除主要由《中华人民共和国合同法》调整外，根据货物运输合同运输方式的不同，具体调整法律也存在差异。按运输方式的不同，货物运输合同可以分为：铁路货物运输合同，公路货物运输合同，水路货物运输合同，航空货物运输合同与管道货物运输合同等。例如，由于公路运输是我国较为传统的运输方式之一，发展速度也相对较快，因此调整公路运输的法律相对比较全面，常用的有《公路法》、《合同法》、《汽车货物运输规则》、《道路货物运输服务业管理办法》、《高速公路交通管理办法》、《道路交通管理条例》、《城市道路管理条例》、《道路零担货物运输管理办法》等一系列法律法规。又如，调整航空货物运输合同的法律规范，除主要由《中华人民共和国民用航空法》调整外，
国际航空货物运输合同还受华沙公约体系、1999年《蒙特利尔公约》的调整。货运代理合同属于合同法上的'无名合同，在性质上最接近于委托合同，因此在法律适用上多是参照委托合同的相关规定。
5、归责原则与举证责任不同
《中华人民共和国合同法》第107条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”这个条文中并没有规定“当事人能够证明自己没有过错的除外”，一般认为合同法采用了严格责任原则作为违约责任的一般归责原则。因此，在诉讼中主张追究对方违约责任的当事人仅须证明对方有违反合同义务之行为即可。但委托合同却是特例，因为合同法第406条明确规定：“有偿的委托合同，因受托人的过错给委托人造成损失的，委托人可以要求赔偿损失。无偿的委托合同，因受托人的故意或重大过失给委托人造成损失的，委托人可以要求赔偿损失。受托人超越权限给委托人造成损失的，应当赔偿损失。”可见，委托合同的归责原则实行的是过错责任原则。货运代理合同从性质上讲属于委托合同，当然也应当适用过错责任。因此在货运代理合同中，作为委托人，试图让货运代理人承担违约责任时，就应当证明其在履行合同时存有过错。
在海上货物运输合同中，根据《中华人民共和国海商法》第五十一条的规定，海上货物运输合同违约责任的归责原则亦为过错原则，但在举证责任上属于过错推定，即一般来说，证明货物损坏非系承运人过错所致之责应由承运人自己承担，货方仅需证明在承运人责任期间发生了货损事实即可，对承运人有无过错无须举证。而承运人需证明自己没有过错方可免责，否则推定其有过错。但是，海商法同样规定了承运人可享受的十二种免责事项，例如按照海商法第51条第二款的规定，在火灾引起货损的情况下，只有当权利人证明该火灾系承运人本人过失所致时，承运人才承担责任。即在火灾导致货损的情况下，海商法又规定此时举证责任归于货方，这又构成了海上货物运输合同过错推定原则的例外。对此，要区别不同案情，在同一过错原则之下，正确适用不同的举证责任。