由于毓婷的服药剂量很小，用药的时间短，又只是偶尔用药，所以毓婷的副作用很小。但这种药对身体仍然会有影响，尤其是反复多次服用。
人与人之间的个体差异很大，少数人服用毓婷后，可能会有轻微的头晕、乳房胀痛、头痛、乏力、恶心，偶尔还可能呕吐，在服药的过程中少吃点东西，倒可以减轻反应。但这样的情况一般不需要治疗，一两天就会慢慢减轻、消失。
不过毓婷对女性的月经很可能会有一些影响。正常的月经周期中，前半个月经周期，女性体内的激素成分是雌激素，后半个月经周期，女性体内的激素成分变为了雌激素和孕激素。
所以，如果是在前半个月经周期内服用毓婷，可能对月经干扰很大，容易出现出血，有的出血量很少，有的却和平时的月经量差不多，皮肤还可能伴有斑点出现，要特别注意；而后半个经期影响则比较少。同时，毓婷还会造成部分女性月经提前或延迟，这都是因为外来的激素改变体内正常的激素水平，使身体的内分泌出现混乱，不需要特别处理。
尽管毓婷的副作用很小，而且效果很好，失败率只有2％，但是它仍然不能被当作常规避孕药反复、多次服用。专家建议，一个月经周期最好只吃一次，因为紧急避孕的药剂量高，一次紧急避孕的药量一般相当于8天的常规短效口服避孕药量，多吃会增加副作用，伤害身体。而严重的心脑血管病患者、急性局灶性偏头疼和严重的肝、肾功能不全的人更要慎用。
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