当阿米巴原虫感染初期会出现咳嗽、咳痰的症状，其特点主要为干咳或黏液脓痰，典型者为巧克力样痰。
阿米巴脑膜炎症状
原发性阿米巴脑膜脑炎发病急骤，病情发展迅速。开始有头痛、发热、呕吐等症状，迅速转入谵妄、瘫痪、昏迷，最快可在一周内死亡。
阿米巴原虫感染神经系统症状
当阿米巴原虫感染神经系统时，神经系统体征显示局灶性单侧损害，有严重的局灶性坏死和水肿。病人头痛、发热呕吐、颈强直、眩晕、嗜睡、精神错乱、共济失调直至昏迷和死亡。
全身症状
如果是肺、胸膜阿米巴病起病急，常有畏寒、发热(多为弛张热)，伴乏力，食欲缺乏等全身症。
肝脓肿穿破肺部症状
当阿米巴原虫感染导致肝脓肿穿破肺部时，可突然咳出大量棕褐色痰，每天黏痰量可达500ml以上，可有痰血甚至大咯血。
肝脓肿穿破胸腔症状
当阿米巴原虫感染导致肝脓肿穿破胸腔时，，常伴有剧烈胸痛和呼吸困难，严重时可发生胸膜休克。
肠穿孔
肠穿孔是肠阿米巴病威胁生命最大的并发症。穿孔可因肠壁病变使肠腔内容物渗入腹腔酿成局限性或弥漫性腹膜炎或腹腔脓肿，亦偶因直肠镜检查时外伤性穿破而造成。弥漫性腹膜炎较多见，预后不良。肠壁深溃疡大多引起慢性穿孔，部位多在盲肠、阑尾。外伤性穿孔多见于直肠。
阿米巴原虫感染除了常见的肠穿孔并发症，还可能出现肠出血深部溃疡、阑尾炎、阿米巴瘤等多种并发症。