甲状腺所分泌的甲状腺激素参与体内各种物质的新陈代谢，对生殖，生理有直接的影响。
性腺的发育成熟，男性正常的睾丸生精功能需要正常的甲状腺功能的存在，甲状腺功能异常主要表现为甲状腺功能亢进以及甲状腺功能减退两种疾病，无论是哪种，病情严重的时候，对男女性功能都有影响，而男性直接表现为性欲减退，阳萎，生精功能障碍，精子减少，从而导致不孕不育。
肾上腺疾病肾上腺与性腺密切相关，它除了合成分泌肾上腺皮质激素外，还分泌少量雌激素，雄激素和孕酮等性激素，肾上腺分泌的皮脂激素过量，可导致垂体促性腺激素减少，男性会出现性功能低下，阳萎，生精少的现象，肾上腺皮质功能减退早期对睾丸影响不大，但严重的话会引起不孕不育现象。
睾丸先天发育障碍胚胎期睾丸发育受到阻碍，严重影响睾丸生精，由于睾丸先天发育不良，无精子产生，或有极少数成熟精子而造成不育。正常时胚胎八个月后，睾丸应从腹腔降入阴囊内，若双侧睾丸不降入阴囊，由于腹腔内温度高于阴囊温度，会严重影响睾丸发育，影响精子的产生。
睾丸炎症一般的睾丸炎经过积极治疗，组织修复后仍有生精功能。青春期前的腮腺炎并发睾丸炎症，可由于曲细精管的变性而不能生精，其他如急性传染病的伤害，白喉等，因高热而严重影响精子成熟，导致不育。
精索静脉曲张睾丸静脉端血管迂曲扩张，局部温度相对升高，而睾丸动脉端的血液不能迅速运行，使温度降低，出现温度调节障碍，同时睾丸静脉郁滞使氧张力降低，影响睾丸组织代谢，从而影响生精作用，如双侧鞘膜积液经久不治，睾丸内环境温度相对升高也影响生育。
少精症精液中精子密度与男性生育能力有一定的关联，当精子密度低于2000万/毫升时，其生育能力明显下降。
少精症可以分为两类，一类是特发性少精症，指的是精子数量少，促黄体生成素和睾酮水平正常，而垂体促卵泡激素水平增高，原因不明等为特征的男性不育综合症，临床较为常见;一种是继发性少精症，是指因内分泌疾病，隐睾，精索静脉曲张等感染生精功能所致。
慢性前列腺炎慢性前列腺炎是男性多发病，感染前列腺炎的人群前列腺液有质的改变，对精子会产生多种危害，严重时造成男性不育。
1.前列腺液数量改变：正常男性每次射精量为2到6毫升，如精液每次少于2毫升或大于7毫升，就会造成不育。
2.前列腺液质改变：前列腺感染炎症，所产生的前列腺液质量也会出现改变，尤其是对精子生存不可缺少的微量元素改变，导致精子失去活力，造成不育。
3.前列腺液酸碱度的改变：正常前列腺液酸碱度为6.45，而正常精液酸碱度为7.2-7.9，是偏碱性的，精子对酸碱度的要求，最低要在5-6.5范围，患前列腺炎时，前列腺会产生一些酸性物质，加之前列腺液增多，导致精液酸碱度下降，如果超过精子最低要求，就会造成不育。
4.前列腺液中液化因子改变：刚射出的精液是凝固状态的粘稠物，由精囊分泌出的凝固因子形成，这种粘稠状态，需经过前列腺液中的液化因子液化，精子才可能解脱，并在前列腺液的保护下，向有卵子的部位进军，患慢性前列腺炎后，前列腺液中的液化因子减少，粘稠的精液得不到液化，精子被束缚着，无法与卵子结合，从而导致不育。