参保的人群不同
我国医保主要分为2种，分别是职工医保和居民医保，不同的医保缴费对象也不同。没有固定工作单位的个人，可以自行选择参加职工医保或者居民医保。如果以灵活就业人员身份自己缴纳职工医保，就是俗称的灵活就业人员医保的参保人。如果缴纳的居民医保，就是居民医保的参保人。除了灵活就业人员以外，老人小孩等也能参加居民医保。
缴费的方式不同
灵活就业人员如果缴纳的是职工医保，那么每月都需要缴纳医疗保险费用，一旦出现断缴，可能影响到医疗保险的待遇享受。居民医保采用的是一年一缴费的，缴一年费用，获得一年的医保，错过了集中缴费时间可能无法补缴。
报销比例不同
灵活就业人员缴纳的职工医保报销比例高，而居民医保的报销比例相对较低。
医保账户不同
灵活就业人员缴纳的职工医保通常会建立医保个人账户，每月有部分金额返还到医保个人账户中，可以用来在定点药店购买药品，也可以用来在定点医院看病消费，各地具体使用方法可能不同，随着个人账户家庭共济制度的普及，个人账户会发挥更多作用。城乡居民医保没有医保个人账户，无法享受这方面的待遇。