公积金买房扣款方式有两种，一种是自动扣款，另外一种是公积金对冲还贷。如果借款人选择自动扣款，那么需要准备一张还款卡。每个月在还款日到来之前，往还款卡内存入足够数量的资金，公积金系统那边会进行自动扣款的。如果借款人选择的是对冲还贷，那么借款人需要委托银行去提取个人公积金账户里面的余额，来进行每个月的还款月供。如果要选择提前还贷的话，借款人也需要走委托银行的方式。其中对冲还贷又分为年冲和月冲两种方式。
采用年冲方式相当于每年办理一次部分提前还款，但这种方式是优先偿还公积金贷款本金的，另外每月的月还款必须自行使用现金归还。采用月冲方式，在每个月冲还公积金贷款的月应还本息金额之余，也可以冲商业贷款部分的月应还本息金额。