1、催芽：番茄经过催芽之后再进行育苗，有利于苗齐苗壮。先将种子用30℃左右的温水浸泡三四个小时，等种子吸水膨胀后，捞出，放到白色纱布中，去掉上面漂起来的瘪种子。用白纱布裹好之后，放到25~28℃的环境下进行催芽。如果没有恒温箱，可以放到热水袋上，然后外面盖上一个稍微湿一点的毛巾，外面的温度尽量保持到28℃左右。一般48小时之后就能露白了，等到70%左右的种子出芽之后就可以进行播种了。
2、选择营养钵：育苗的方式有穴盘育苗，营养钵育苗以及泥炭育苗。营养钵的规格有很多，有口径8厘米，10厘米，13厘米的，一般番茄育苗需要20多天，可用口径8厘米的营养钵。然后将营养土倒入营养钵内，依次排开，每个里面放入2~3粒发芽的种子。
3、苗期管理：在番茄苗长出2~3片真叶前进行分苗，移到穴盘中。以后的4~5天，白天的温度不高于33℃，夜晚温度不低于13℃。白天温度超过33℃，要在中午前后短期放风。
4、番茄苗期的管理非常重要，主要发生的病害有猝倒病，立枯病，早疫病，要及时防治。在出苗后，保持土壤湿润，不能太干，每天要喷一次透水。等到出苗5天之后，用螯合钙2克，农用链霉素4克，再加入30斤水进行喷雾。等到4~5天之后，用磷酸二氢钾5克，螯合硼2克，恶霉灵3克，进行喷雾。再过5天之后，用螯合钙5克，螯合硼2克，再加上咯菌清4克，进行喷雾。
5、幼苗长出4~5片真叶时，容易徒长，对于已经旺长的番茄苗，可用50毫克/千克的矮壮素喷洒。苗期大概有20多天，在移栽之前，可用微生物菌剂起苗，再移栽。