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本文详细描述了一种通过不连续梯度离心法纯化质粒DNA的实验方法。该方法利用不同浓度的CsCl溶液分层离心,加速了CsCl梯度的形成,使得离心时间缩短至6小时。以下是详细步骤:
首先,配制125g的CsCl溶液(pH8.0),使其密度达到1.47g/ml。接着,将8ml的氯化铯溶液加入到Beckman Quick-Seal离心管中,作为后续操作的准备。
对于质粒DNA溶液,如果必要,可使用TE(pH8.0)调整至3ml。随后,在质粒DNA溶液中加入8.4g的CsCl,并将溶液加热至30℃以加速溶解。需小心混匀溶液直至盐分完全溶解。
调整溶液重量至13.2g,并加入0.8ml的10mg/ml溴化乙锭溶液(用水溶解),快速混匀直至染料均匀分散。此时,溶液体积应约为7.5ml。操作时需注意:溴化乙锭为强诱变剂且具有中度毒性,进行时需佩戴手套,并将染料贮存于避光容器内,于室温保存。
使用Sorvall SS34转头(或等效设备)以8000rpm离心5分钟,以清除浮渣,该浮渣由水垢、溴化乙锭和细菌蛋白组成。
将巴期德吸管插入装有CsCl溶液的离心管中,小心地将步骤8中的清亮红色溶液(来自浮渣之下)加入管内,确保样本层位于CsCl溶液之下。如果需要,可添加步骤1中配制的CsCl溶液(ρ=1.47g/ml)至离心管满,并封口。
将封口的离心管放入Beckman Ti70.1或Sorvall65.13转头中,在20℃下以60000rpm速度离心6小时。
最后,回收闭环质粒DNA区带。此步骤完成后,即可得到纯化的质粒DNA,而溴化乙锭已被去除。
综上所述,该不连续梯度离心法纯化质粒DNA的实验步骤详细且高效,通过分层离心加速CsCl梯度形成,有效缩短离心时间至6小时,提高了实验效率。同时,该方法对去除溴化乙锭提供了安全的操作指南,确保了实验人员的安全。
大量提取的质粒DNA一般需进一步纯化,常用柱层析法和氯化铯梯度离心法。常使用的所有纯化方法都利用了质粒DNA 相对较小及共价闭合环状这样两个性质。例如,用氯化铯-溴化乙锭梯度平衡离心分离质粒和染色体DNA 就取决于溴化乙锭与线状以及与闭环DNA分子的结合量有所不同。