【UK Biobank干货】教你如何从RAP云计算平台下载数据

发布网友 发布时间：2024-12-29 09:49

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热心网友 时间：2024-12-30 15:11

对于申请并获批使用UK Biobank项目的研究人员，进入数据下载与利用阶段后，可以选择通过与AMS和DNAnexus合作建立的云计算平台Research Analysis Platform（简称RAP）获取所需数据。要充分利用RAP，请遵循以下指导步骤。

准备工作

在开始之前，请确保满足以下条件：UK Biobank账号已成功申请，研究提案申请成功，已拥有AMS账号，并完成数据使用费支付及协议签署。

创建RAP账号

访问ukbiobank.dnanexus.com/...网址，创建新账户，并将UKB中的AMS账号关联起来。

登录RAP系统

使用账户进行登录。

建立项目

在RAP系统中，点击PROJECTS选项卡，选择右上角的+ New Project按钮。填写项目名称（如使用"demo1"），申请ID、账单信息等信息，然后点击Create Project创建项目。

在创建项目后，系统将自动分配数据，并可能需要数分钟至数小时。完成后，状态显示为“Ready”，预示数据准备完毕，开始在云平台进行数据提取及分析。

选择所需变量

在项目中，查找并勾选系统公开的数据集，通常以app+Applicant ID+Data ID.dataset命名。跳转至类似Excel界面，添加想要的数据变量。默认列表包含参与人ID（Participant ID），用户可根据需要添加如性别、家庭人口、牛肉摄入量、血压（舒张压）等其他变量。

保存变量列表

选择变量后，进行数据提取前，需要将当前数据面板保存至RAP。点击右侧小软盘按钮，存储为新cohort文件，例如命名为"demo1-1"并保存在根目录或特定文件夹中。

使用Table Exporter提取数据

在数据保存后，通过RAP中TOOLS选项下的Table exporter应用进行数据提取。选择并运行应用，确保正确选中所保存的变量集合（如"demo1-1"），调整设置（如Header Style等），启动数据提取过程。

在分析流程执行期间，监视进程和使用状况于系统MONITOR界面。最终，系统生成名为"data_participant.csv"的CSV文件，方便利用统计软件读取和分析。

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