1、根据规定，合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则；但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。
2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。
一、签订阴阳合同的风险
对买方而言存在以下风险：
1．真实意思认定的风险；
2．无法取得高额贷款的风险；
3．再售承担高费用的风险；
4．合同不成立的风险；
5．行政处罚和刑事追究的风险。
对卖方同样存在着风险：
1．买卖合同可能被宣告无效的风险；
2．房款不能全额收回的风险；
3．行政处罚和刑事追究的风险。
签订阴阳合同的处罚：
实践中，鉴于买卖双方签订阴阳合同的行为严重违反了我国税收管理规定，有关部门查实后，如果属于一般偷税行为，行政机关有权给予罚款、拘留等行政处罚；如果偷税数额较大、次数较多，则可能构成犯罪。
根据我国《刑法》第二百零一条规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。如果数额达到标准，买卖双方可构成共同犯罪，将会被一同被追究刑事责任。
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